دوران ریاست‌جمهوری بنی‌صدر یکی از مهم‌ترین مقاطع در تاریخ جمهوری اسلامی ایران است.
از مسئله اشغال لانه جاسوسی گرفته تا موضوع برگزاری اولین دوره مجلس شورای اسلامی، درگیری‌های قومی در داخل کشور، طرح ریزی عملیات‌های مختلف برای ضربه زدن به بنیان نوپای انقلاب از جمله حادثه طبس و بالاخره جنگ تحمیلی عراق علیه ایران این مقطع از انقلاب اسلامی ایران را از حساسیت فوق‌العاده بالایی برخوردار ساخته بود.
اگرچه پنجم بهمن 1358 به فاصله یک سال پس از پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آنکه دولت موقت مهندس مهدی بازرگان استعفا داده بود، ابوالحسن بنی‌صدر در انتخابات ریاست‌جمهوری با اقبال عمومی مردم روبه‌رو و با اکثریت آرا به عنوان نخستین رئیس‌جمهوری ایران انتخاب شد اما مواضع وی در مواجهه با هریک از اتفاقات مذکور، تضاد وی با نهادهای انقلابی را کاملا روشن کرد.
در واقع اگر امام خمینی در مراسم تنفیذ ریاست‌جمهوری بنی صدر، طی سخنانی فرمودند من از آقای بنی‌صدر می‌خواهم که مابین قبل و بعد از ریاست‌جمهوری در احوال روحی ایشان تفاوتی ایجاد نشود، نشان از درایت امام در شناخت و تفکیک نیروهای انقلابی از نیروهای نفوذی داشت و هشداری در کلامشان نهفته بود که هیچ گاه برای بنی‌صدر کشف نشد. با بررسی عملکرد وی، روشن می‌شود که او در اقدامات خود دائماً در جهت حذف یا مخالفت با نهادهای انقلابی عمل کرده است.
وی در مورد مسئله گروگانگیری، بارها مخالفت خود را با حرکت دانشجویان پیرو خط امام در تسخیر لانه جاسوسی اعلام کرد. او پس از مدتی بر تسلیم و واگذاری گروگان‌ها به دولت تأکید کرد که امام در برابر این خواسته بنی صدر، یادآور شد که تکلیف گروگان‌ها باید در مجلس روشن شود و از این روی با این خواسته بنی‌صدر مخالفت کرد.
در مورد مسئله طبس، پس از فرار آمریکایی‌ها از ایران، کاخ سفید اعلامیه‌ای به این شرح پخش کرد که آمریکا در عملیاتی در صحرای طبس جهت آزادی جان گروگان‌های اسیر در ایران با شکست روبه‌رو شده و اسناد سری و مهمی درون هلی‌کوپترها به جای مانده است.
به فاصله اندکی از پخش این اعلامیه هلی‌کوپترهای آمریکایی جا مانده در صحرای طبس به دستور بنی‌صدر در 3 نوبت بمباران شدند. اقدام مشکوکی که علاوه بر انهدام اسناد سری و مهم باقی مانده؛ به شهادت محمد منتظر قائم، فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی یزد که در منطقه از هلی‌کوپترها محافظت می‌کرد، منجر شد.
از دیگر مسائلی که نظام نوپای جمهوری اسلامی در این دوران با آن درگیر بود تحرکات نیروهای ضد‌انقلاب در منطقه کردستان و سایر مناطق ایران بود که بنی‌صدر اساساً به جای تأکید بر حل این مسائل، در سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های متعدد بیشتر به مباحث حاشیه‌ای و اختلاف‌برانگیز می‌پرداخت که موجب گسترش اختلافات میان مسئولان می‌شد.
با آغاز جنگ تحمیلی علیه جمهوری اسلامی ایران، ابوالحسن بنی‌صدر که قبلاً از سوی امام به عنوان فرمانده کل نیروهای مسلح نیز منصوب شده بود، به تدریج در این عرصه نیز مخالفت خود را با گروه‌ها و نهادهای انقلابی، بروز داد. از جمله با توجه به آمادگی و انگیزه‌های اعتقادی نیروهای سپاه پاسداران برای مشارکت جدی‌تر در عملیات نظامی، با حضور پر رنگ آنها در عرصه نبرد، مخالفت می‌کرد و به همین دلیل سلاح و امکانات نظامی لازم را در اختیار آنها قرار نمی‌داد.
البته او پیش از آغاز جنگ نیز به تذکرات و هشدارهای فرماندهان نظامی درخصوص غیرعادی بودن تحرکات نظامی عراق در مرزهای خود با ایران و امکان حمله نظامی این کشور به ایران، توجه نمی‌کرد.
تصمیمات بعضا مشکوکی که وی در خلال جنگ اتخاذ می‌کرد گسست تدریجی وی با نیروهای انقلابی و خط امام را فراهم آورد. او در چندین سخنرانی مواضع اصلی خود را در قبال گروه‌های خط امام و اسلامگرا آشکار کرد.
شاید اولین و مهم‌ترین سخنرانی بنی‌صدر که باعث تشدید اختلافات در کشور شد، سخنرانی روز 17 شهریور 59 در میدان شهدای تهران بود که واکنش‌های گسترده‌ای را در پی داشت. وی در روز 22 بهمن نیز با سخنان خود موجبات ناامیدی در میان مردم و تفرقه در مسئولان را فراهم کرد.
با چنین پیش زمینه‌ای در نهایت در روز 14 اسفند 1359 طی سخنانی به مناسبت سالگرد درگذشت دکتر مصدق، در دانشگاه تهران، ضمن تحریک جمعیت حاضر در دانشگاه، باعث بروز درگیری‌ها و زد و خوردهای گسترده‌ای در دانشگاه تهران و خیابان‌های اطراف شد.
در تحقیقاتی که بعداً از سوی دستگاه قضایی صورت گرفت، عامل تعیین‌کننده در بروز اغتشاش و ضرب و جرح‌ها، صدور دستور رئیس‌جمهوری برای حمله و هجوم بوده است که در نهایت در این میان به مردم عادی نیز حمله شده است.
پس از این رویداد، مسئولان کشور خواستار روشن شدن ماجرا و مجازات عاملان این وقایع شدند. در هر حال این سخنرانی و وقایع حاشیه آن، موجب گسترش اختلافات در کشور شد.
در نهایت در نوروز 1360، هیأتی 3 نفره از سوی امام خمینی مسئول رسیدگی به اختلافات شد و این هیأت به روزنامه‌ها اخطار داد تا از انتشار مواردی که باعث آشوب می‌شود، خودداری کنند. اما شروع کار این هیأت مصادف با گسترده‌تر شدن روابط بنی‌صدر با سازمان‌های وابسته به منافقین شد.
پس از مدتها اختلاف بین مسئولان انقلابی نظام اسلامی و بنی‌صدر و طرفداران او، همچنین سوء مدیریت در جنگ و نیز موضعگیری علیه اهداف نظام اسلامی، امام خمینی(ره) در 20 خرداد 1360، پس از مشورت با مسئولان عالی رتبه نظام، وی را از فرماندهی کل قوا، بر کنار کردند.
این عمل حضرت امام، واکنش منفی بنی‌صدر را برانگیخت و به جای آنکه درصدد اصلاح خود و پایان دادن به کارشکنیها و مخالفتهای خود باشد، به حکم امام بیاعتنایی نمود که این امر بر نمایندگان انقلابی مجلس شورای اسلامی گران آمد. از این‌رو در جلسه 24 خرداد 1360، نامه 120 تن از نمایندگان مجلس شورای اسلامی قرائت شد که در آن تقاضای رسیدگی به صلاحیت سیاسی بنی‌صدر را داشته و خواستار طرح آن با قید 2 فوریت شدند.
در نهایت، نمایندگان پیرو امام خمینی و نظام اسلامی در مجلس شورای اسلامی در 31 خرداد 1360 با اکثریت ۱۷۷ نفر در مقابل ۱۲ رای ممتنع و یک رای مخالف رأی بر عدم‌کفایت او داد.
فردای آن روز در اول تیرماه، حضرت امام خمینی(ره)، در پاسخ به نامه اکبر هاشمی رفسنجانی که ریاست وقت مجلس شورای اسلامی را به عهده داشت طی پیامی با این عنوان که«پس از رای اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنی‌صدر برای ریاست‌جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد، ایشان را از ریاست‌جمهوری اسلامی ایران عزل نمودم» این مهره دستنشانده را از ریاست‌جمهوری عزل کردند.
امام خمینی در مراسم تنفیذ ریاست‌جمهوری به بنی صدر، اشاره داشتند که تنفیذ و نصب اینجانب و رأی ملت مسلمان ایران محدود است به عدم‌تخلف ایشان از احکام مقدسه اسلام و تبعیت از قانون اساسی.بنی‌صدر یک ماه پس از عزل توسط امام خمینی(ره)، از کشور گریخت. فرار وی 5 روز پس از انتخاب شهید محمد علی رجایی به ریاست‌جمهوری اسلامی ایران صورت گرفت.
بنی‌صدر ساعت 22 چهارشنبه هفتم مرداد 1360 با یک فروند هواپیمای بوئینگ 707 به خلبانی سرهنگ معزی ـ خلبان ویژه شاه مخلوع ـ از کشور گریخت. معزی در دی‌ماه 1357 پس از آنکه شاه را به مصر و سپس به مراکش برد، در بازگشت از مراکش با تظاهر به جانبداری از انقلاب اسلامی به ایران بازگشت. بنی‌صدر هنگام ورود به فرودگاه مهرآباد برای فرار از کشور، سوار بر اتومبیل وانت و ملبس به لباس زنانه بود.
شیوه برخورد امام
امام خمینی همیشه در مسیر بی‌طرفی، عدم‌دخالت مستقیم در مسائلی که از سوی مسئولان قابل حل بود و همچنین واگذاری مسائل به مجلس شورای اسلامی، حرکت می‌کرد.
با اینکه ایشان بعداً اعلام کردند که با ریاست‌جمهوری بنی‌صدر موافق نبوده‌اند اما مسیر را برای بنی‌صدر جهت انجام برنامه‌های خود باز گذاشتند و حتی وی را به قائم‌مقامی خود در فرماندهی کل قوا نیز منصوب کردند. در واقع امام نمی‌خواستند به گونه‌ای عمل کنند که بهانه‌ای به دست رئیس‌جمهوری دهند.
ایشان همچنین در مواجهه با شرایط حادی همچون مسائل به وجود آمده پس از واقعه 14 اسفند 59 از دخالت مستقیم خودداری کردند و حل موضوع را به یک شورای 3 نفره واگذار کردند. در عین حال از نمایندگان خود در این هیأت خواستند تا گزارش اقدامات و روند پیشرفت امور را به اطلاع ایشان برسانند.
سرانجام امام در اوج فضای اتهام‌زنی که بنی‌صدر از ابتدای سال 1360 ایجاد کرده بود، تصمیم نهایی درخصوص وی را به مجلس شورای اسلامی واگشذار نمودند و پس از تصمیم مجلس نیز او را از سمت ریاست‌جمهوری عزل کرد.
